2001年，保护区编制了《北京松山国家级自然保护区总体规划》，并于2003年得到了国家林业局的批复，为保护区的保护和建设提供了依据和良好条件。
《总体规划》是松山保护区最为重要的保护和管理计划，涉及保护区分区、野生动植物保护、保护区职工能力建设、保护区基础设施建设、社区共管、公众教育、生态旅游等多个方面。并制定有详细的近远期发展目标。
按照《总体规划》，保护区一期（2001－2006年）已新建标本陈列馆，教学实验楼，防火瞭望塔，并改造加设餐厅、商店、道路等。这些建设对于加强管理，开展宣教教育，保护和发展珍贵稀有野生动植物资源，促进首都自然资源和社会经济可持续发展具有十分重要的作用。
2006年后，保护区明显加快了建设步伐，在开展基础设施二期工程建设（计划在2006－2010间完成）的同时，多方争取资金。组织专家实地考察、进行生态旅游规划、组织环境保护和防火工程论证等对保护区存在的问题和解决方案进行了探讨，完成了电线线路改造、标本馆翻修、小型会议室建设、周边宾馆赎买、保护区确界立碑等一系列举措，取得了显著的阶段性成果。
2008年，保护区将对《总体规划》进行修编，生物多样性保护仍然是松山保护区的首要工作目标。为实现该目标，保护区将继续加强动态监测、林火管理、社区参与、保护研究、能力建设和环境教育等方面的工作，最大限度地保护森林生态系统和森林中的野生动植物资源，为开展森林生态系统的科学研究、生物多样性保护提供良好基地，探索合理利用自然资源和自然环境的途径，促进生态良性循环，达到人与自然和谐共存。
